El origen histórico de la Universidad de Valparaíso data de 1911, con la fundación de la Escuela de Derecho de la Universidad de Chile, en torno a la cual se fue desarrollando una serie de escuelas universitarias. En 1968, y bajo el régimen de una Facultad plural, se creó oficialmente la Sede de la Universidad de Chile en Valparaíso, con áreas que cubrían los diferentes ámbitos del trabajo académico; todo ello bajo la dirección de un Decano único que, posteriormente, pasó a denominarse Vicerrector.

Más tarde, las áreas se agruparon en Facultades: Salud; Arte y Tecnología; Ciencias Sociales; Educación y Letras; Matemáticas y Ciencias Naturales (1972). En 1981, se creó por ley la Universidad de Valparaíso, continuadora de la Sede de la Universidad de Chile que existía en la ciudad. Las Facultades de la Universidad, al tiempo de su creación como tal, fueron Arquitectura, Derecho y Medicina. En 1987 se crea la Facultad de Odontología; en 1990, la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas; en 1993, la Facultad de Ciencias; en el año 2000, la Facultad de Ciencias del Mar y en el año 2002, las Facultades de Farmacia y Humanidades.

La Escuela inició sus actividades docentes en 1961 con los primeros cursos de medicina (primer y segundo año) dependientes de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile, pasando a ser Escuela de la misma Corporación en 1966, de donde se separó en 1981 al crearse la Universidad de Valparaíso.

Ese mismo año se inicia la construcción y habilitación del Edificio Central de la Facultad de Medicina que alberga a la Escuela, en calle Hontaneda. Fue inaugurado a fines de 1982, iniciando su primer año académico en 1983.

En el año 2005 se inicia la carrera de Medicina en San Felipe con 42 alumnos en primer año, implementado simultáneamente con la sede Valparaíso el nuevo Plan de Estudios. La sede de San Felipe utiliza la Casona aledaña a los terrenos adquiridos por la Universidad en el sector La Troya. Hoy se ha materializado un edificio de más de 3500 m² construidos de propiedad de la Universidad. La presencia de la Universidad de Valparaíso en el Valle de Aconcagua, a través del Campus San Felipe, surge como respuesta a dos grandes lineamientos:

1. Las políticas gubernamentales de modernización de la Educación Superior.
2. Las políticas de la Universidad de Valparaíso que apuntan a la equidad con la igualdad de acceso a la educación superior, a la expansión, la descentralización y al fomento del desarrollo regional.

La comunidad participó desde sus inicios en este proyecto, especialmente con el Servicio de Salud de Aconcagua y los municipios respondiendo así a sus definiciones del modelo de Salud Familiar de sus consultorios. Además, se lograron Convenios Docente Asistenciales de largo aliento que dan estabilidad al uso de campos clínicos, tanto del Servicio de Salud como de los Municipios.

En el año 2002 se obtuvo el financiamiento para la Ejecución del Proyecto MECESUP UVA 0106 “Estrategia para la educación médica integral”, que implicó en lo general ampliar y mejorar la calidad del cuerpo académico, así como aumentar los recursos para el proceso enseñanza aprendizaje. Adicionalmente se aumentó y mejoró la planta física, en la que destaca la construcción del edificio docente "Doctor Bruno Günther Schaffeldt", en calle Hontaneda de Valparaíso, frente al de la Facultad de Medicina, que alberga nuestro Centro de Investigaciones Médicas (CIM).

Otro hito relevante en la historia de la Escuela lo constituye la adjudicación de un segundo proyecto MECESUP-UVA 0813 “Educación médica integrada, moderna, flexible y a lo largo de la vida”, en el año 2009; cuyo objetivo fue la profundización de los cambios en la formación médica de pregrado de la Escuela de Medicina de la Universidad de Valparaíso que iniciaron con el proyecto MECESUP UVA 0106. Este proyecto concluyó el 2012, dejando nuevos desafíos en pro de la mejora de la calidad académica.

Se debe destacar que, en el año 2010, se construye el Centro de Reproducción Humana de la Universidad de Valparaíso (CRH-UV), respondiendo a la necesidad de un centro integral de tratamientos para las parejas infértiles. Para ello se realizó una importante inversión en infraestructura, equipamiento y capital humano capacitado. Este Centro, en conjunto con el Hospital Carlos Van Buren, desarrolla el Proyecto de terapias de Reproducción asistida de Baja Complejidad (TRA-BC) aprobado por FONASA. El éxito del programa permitió replicarlo en otras regiones del país.

Adicionalmente, en el año 2014 nace el Centro de Simulación Clínica (SIMUV) como parte del proyecto FIAC2 UVA1109 denominado “Mejoramiento de Calidad de la docencia a través de la implementación de un centro de Simulación Clínica, favoreciendo el uso de metodologías activo participativas en el marco de la innovación curricular del área de la salud”. El centro cuenta con 250 m2 construidos y posee tres salas de simulación, dos de las cuales son de alta fidelidad y una para habilidades básicas. Junto a esto se cuenta con una sala con capacidad de 40 personas para realizar el Debriefing. El SIMUV coordina los centros de simulación de Obstetricia y de San Felipe.

En el año 2015 la Universidad adquiere un inmueble localizado en la ciudad de Reñaca, que tiene como finalidad concentrar en un espacio físico a la Facultad de Medicina de la Institución. Esta construcción cuenta con una superficie total de 16.000 m2 construidos y app 23.000 m2 de terreno.

Está compuesta por cuatro edificios con tres sistemas dobles de ascensores, en el que se cuenta con 46 aulas para una capacidad de 1783 estudiantes, dependencias para aularios, servicios estudiantiles, laboratorios docentes y de prestación de servicios, estacionamientos, administración y biblioteca. Adicionalmente posee espacios para contar con un auditorio o aula magna, además de comedores. 

De esta forma se concreta el compromiso asumido por la Institución de perfeccionar las condiciones arquitectónicas de la Facultad, de modo que se pueda acoger de manera óptima tanto los programas de pregrado como de postgrado, y se facilita la integración entre las carreras de la Facultad. Adicionalmente, el edificio albergará programas de postgrado de la Facultad de Odontología. El traslado a estas nuevas dependencias se produce el año 2016.

Para la realización de la actividad académica de pre y postgrado, la Escuela cuenta con una dotación académica de 112 jornadas completas equivalentes (JCE) en ambas sedes. Además cuenta con una planta no académica de 45 personas para el apoyo de las actividades docentes y de prestación de otros servicios. Colaboran en la docencia de pregrado de la Escuela, la Facultad de Ciencias (contenidos de fisiología). 

En términos de autorregulación, cabe destacar que en 1999 la Escuela tomó la decisión de someterse voluntariamente al proceso de autoevaluación para la acreditación. Como resultado de ese proceso la Escuela se transformó en la primera carrera de educación superior acreditada en el país, lo que constituye motivo de orgullo y un hito que marca el inicio de un nuevo período en la historia de esta Institución. En el año 2002 la Escuela es acreditada nuevamente, luego en 2006.

El cuarto proceso de acreditación data desde el año 2011, en el que se obtiene la acreditación por cuatro años. Posteriormente, en 2015, la carrera de Medicina se somete nuevamente a la acreditación nacional, obteniendo seis años.

En 2018, la Medicina UV inicia el proceso de acreditación internacional ARCU-SUR, el cual fue instaurado a instancias del Mercosur para dar garantía pública de la calidad de la formación académica y científica que imparten las universidades en Sudamérica. En dicho proceso, la Escuela de Medicina obtuvo seis años de acreditación internacional.

Estos hechos han implicado dinamizar una serie de modernizaciones académicas y de gestión que permitieron ir cambiando la cultura organizacional y los resultados de la formación.

Más recientemente, el 9 de agosto de 2023, la Comisión Nacional de Acreditación, CNA Chile, acreditó por un período de siete años, hasta agosto de 2030, a la carrera de Medicina de la Universidad de Valparaíso. Se trata de la máxima calificación a la que puede aspirar un programa de pregrado en materia de calidad académica en Chile.